Uma das mais significativas manifestações da instabilidade do século XIV foi o Papado de Avinhão, de 1305 a 1378,^[190] e o Grande Cisma do Ocidente que se lhe seguiu, entre 1378 e 1418, momento em que coexistiram dois, e depois três, papas rivais, cada um apoiado por estados diferentes.^[191] No início do século XV, depois de um século de instabilidade, os oficiais eclesiásticos reuniram-se no Concílio de Constança em 1414, depondo no ano seguinte um dos papas rivais, deixando apenas dois pretendentes. Seguiram-se várias deposições até que, em novembro de 1417, o concílio elege o Martinho V (1417-1431).^[192]

Além do cisma, a igreja ocidental estava divida por controvérsias teológicas, algumas das quais viriam a ser consideradas heresias. John Wyclif (m. 1384), um teólogo inglês, foi condenado por heresia em 1415 por defender o acesso dos laicos ao texto da Bíblia e por assumir posições sobre a Eucaristia contrárias à doutrina da igreja.^[193] Os ensinamentos de Wyclif influenciaram os dois maiores movimentos hereges da Idade Média – o Lollardismo na Inglaterra e os Hussitas na Boémia.^[194] Os boémios foram também influenciados por Jan Hus, sentenciado à fogueira em 1415 depois de ter sido condenado como herege pelo Concílio de Constança. A Igreja hussita, embora sujeita a uma cruzada contra si, sobreviveria até ao fim da Idade Média.^[195]

O papado refinou o conceito de transubstanciação durante o fim da Idade Média, afirmando que apenas o clero regular podia partilhar o vinho da Eucaristia. Isto viria a distanciar ainda mais o clero secular do clero regular. Os leigos mantiveram as práticas de peregrinação, veneração de relíquias e a crença no poder do Diabo. Místicos como Mestre Eckhart (m. 1327) ou Thomas à Kempis (m. 1471) foram autores de obras que ensinavam aos leigos a focarem-se na sua própria espiritualidade, uma interpretação que viria a contribuir para a Reforma Protestante. A crença em bruxaria generalizou-se de tal forma que, no fim do século XV, a igreja cedeu à pressão do medo e paranóia populista, iniciando em 1484 uma série de julgamentos pela prática de bruxaria, sendo também publicado em 1486 o Malleus Maleficarum, o mais popular manual de caçadores de bruxas.^[196]