São Francisco de Assis, fundador daOrdem Franciscana, aqui representado porBonaventura Berlinghieri (1235).^[162]

A reforma monástica é um tema central ao longo do século XI, à medida que cresce a inquietação entre a elite da Igreja relativamente ao facto dos monges não aderirem por completo a uma forma de vida estritamente religiosa, ao poder excessivo detido por bispos locais e à diversidade de cultos existente de região para região. A Abadia de Cluny, fundada em 909, dá origem a um amplo movimento de reforma monástica, chegando a unir na sua ordem, no seu apogeu, mais de um milhar de mosteiros na Europa.^[163] A ordem obtém reputação de austeridade, rigor e de independência económica e política em relação aos poderes locais, ao não permitir a interferência e participação de leigos nas suas eleições e colocando-se a si própria sobre protecção do papado.^[164]

A reforma monástica de Cluny inspirou mudanças na própria hierarquia da Igreja. Os seus princípios foram adoptados no próprio papado durante Leão IX, e contribuíram para a ideologia independentista que levaria à controvérsia das investiduras no fim do século XI. A controvérsia envolveu o Papa Gregório VII e o Imperador Henrique IV, inicialmente sobre nomeações episcopais, mas que se tornou numa disputa acesa sobre questões deinvestidura, matrimónio dentro do clero e simonia. O imperador, que via como obrigação a protecção da Igreja, pretendia escolher os próprios bispos no seu território, enquanto que o papado insistia na sua independência face ao poder secular. A questão permaneceu por resolver mesmo depois daConcordata de Worms em 1122. O conflito é um dos mais significativos episódios que esteve na base da criação de uma monarquia papal independente e equivalente à autoridade leiga.^[163]

A Baixa Idade Média foi também palco para inúmeros movimentos religiosos. Para além dos cruzados e dos reformadores monásticos, a vida religiosa abriu-se a novas formas de organização. Foram fundadas novas ordens monásticas, como os Ordem dos Cartuxos ou a Ordem de Cister, e novas ordens militares como a dos Templários. Muitas destas ordens são fundadas como resposta ao sentimento generalizado que o monaquismo Beneditinoestava já desajustado das necessidades dos leigos, sobretudo dos que pretendiam uma comunidade monástica próxima do modelo hermético e fechado paleocristão.^[165] Durante o século XIII, o papado aprova as ordens mendicantes dos dominicanos e franciscanos, cujos membros fazem juras de pobreza e de mendicidade como única fonte de rendimento.^[166] Para além das ordens reconhecidas oficialmente, surgem ao longo dos séculos XII e XIII vários outros grupos como os valdenses ou os cátaros, embora tenham sido decretados hereges pelo papa. Os cátaros chegaram mesmo a ser o alvo da Cruzada albigense e extintos durante a inquisição medieval.^[167]