A fortificação de Krak des Chevaliers, construída durante as Cruzadas para a Ordem de Malta^[126]

Durante o século XI, a dinastia Seljúdica viria a dominar grande parte do Médio Oriente, conquistando os antigos territórios persas na década de 1040, a Arménia na década de 1060, e a cidade de Jerusalém em 1070. Em 1071, o exército turco derrotou o exército bizantino durante a Batalha de Manzikert, capturando o imperador bizantino Romano IV. Isto possibilitou aos Turcos a invasão da Ásia Menor, o que constituiu um golpe severo no Império Bizantino ao retirar-lhe grande parte da população e o seu centro económico. Embora o exército bizantino se tenha reorganizado, nunca chegaria a recuperar a Ásia Menor e só efectuaria acções defensivas. Os próprios Turcos vieram a enfrentar dificuldades na manutenção do território, perdendo o domínio de Jerusalém para os Fatímidas do Egipto e assistindo ao espoletar de várias guerras civis no seu interior.^[127]

As Cruzadas pretendiam libertar Jerusalém do domínio muçulmano. A primeira Cruzada foi promovida pelo Papa Urbano II durante oConcílio de Clermont em 1095 como resposta a um pedido de ajuda do imperador bizantino Aleixo I Comneno para conter o avanço muçulmano na região. O Papa prometeu indulgências a todos os que tomassem parte, tendo sido mobilizadas milhares de pessoas na Europa, de todas as classes sociais. Jerusalém foi conquistada pelos cruzados em 1099, tendo também sido estabelecidos uma série de estados cruzados na região. Durante os séculos XII e XIII, houve uma série de conflitos entre estes estados e os territórios islâmicos circundantes, o que levou à convocação de novas cruzadas em seu auxílio,^[128] ou para reconquistar Jerusalém, que entretanto tinha sido novamente capturada por Saladino em 1187.^[129] As ordens religiosas militares, como os Templários ou os Hospitalários, são formadas durante esta época, e viriam a desempenhar um papel fundamental na consolidação e estabilização dos territórios reconquistados.^[130] No ano de 1204, a Quarta Cruzada conquista a cidade de Constantinopla estabelecendo o que viria a ser o Império Latino de Constantinopla^[131] e enfraquecendo consideravelmente a posição do Império Bizantino que, embora voltasse a conquistar Constantinopla em 1261, nunca chegaria a restabelecer o glória dos séculos anteriores.^[132] No entanto, em 1291 todos os estados cruzados tinham já sido capturados ou forçados a deslocar-se para territórios insulares.^[133]

O poder papal convocou também cruzadas para outras regiões além da Palestina, tendo sido proclamadas para a península Ibérica, sul de França e ao longo do Báltico.^[128] As cruzadas na península Ibérica estão interligadas com o processo de Reconquista do território aos muçulmanos. A participação da Ordem dos Templários e da Ordem dos Hospitalários serviu como modelo para a fundação de várias ordens militares locais, a maior parte delas mais tarde integradas nas duas ordens que viriam a ser dominantes no início do século XII, a Ordem de Calatrava e deSantiago.^[134] A Europa do Norte, que tinha permanecido fora da influência do mundo cristão até ao século XI, foi também palco de movimentos de conquista entre os séculos XII e XIV que viriam a ser conhecidos como Cruzadas do Norte. Este movimento deu também origem a várias ordens militares, entre elas os Irmãos Livônios da Espada e a Ordem dos Cavaleiros Teutónicos. Esta última, apesar de fundada nos estados cruzados, foi sobretudo activa na área do Báltico a partir de 1225, mudando em 1309 a sua sede para o Castelo de Malbork na Prússia.^[135]